ЕС въвежда и нови правила за производство на аквакултури като риби, черупкови организми и водорасли. Правилата определят условията в целия ЕС за средата на производство на аквакултури, разделянето на органични и неорганични единици и посочват условията за хуманно отношение към животните, включително максимална гъстота на отглеждане, което е измерим показател за добри условия.

Правилата изискват зачитане на биоразнообразието и не позволяват извършването на предизвикано размножаване чрез изкуствени хормони. Следва да бъдат използвани органични фуражи, допълнени от рибни фуражи, получени от рибни стопанства, които се управляват по устойчив начин. Специални разпоредби се предвиждат за производството на двучерупчести мекотели и за водорасли.

Комисарят за рибарство и морско дело Мария Даманаки посочи следното в коментар по новите правила: "Правилата за биологични аквакултури, валидни в цяла Европа, се превърнаха в действителност.Те са стимул за стабилно производство, което не вреди на околната среда, и предоставят по-добър избор на потребителите, както и жизнеспособна алтернатива на по-традиционния интензивен подход.

ЕС е най-големият пазар в света на морски хранителни продукти и затова е подходящо Европа да играе водеща роля в установяването на подробни правила в тази област.Сред приоритетите на моя мандат са устойчивост и социално сближаване в секторите на риболова и аквакултурите.Новите правила за органичните аквакултури са важна стъпка в интегрирането на тези приоритети в областта на аквакултурите."

През 2008 г. в Европа са функционирали около 123 сертифицирани стопанства за биологични аквакултури, а в света общият брой на тези стопанства е бил 225. Стопанствата в Европа са произвели почти половината от световната продукция от 50 000 тона за 2008 г. Петте държави-членки с най-голям дял в производството са Обединеното кралство, Ирландия, Унгария, Гърция и Франция. Видът, който води класацията, е рибата сьомга.